A relação entre o Tribunal e a Comissão é regida pelo Protocolo que cria o Tribunal, pela Regra 29 das Regras de Procedimento internas do Tribunal de 2010 e pela Parte IV, das Regras de Procedimento da Comissão de 2010. Estes instrumentos estabelecem a relação entre Tribunal e a Comissão da seguinte forma:
 

•      O Tribunal complementa o mandato de protecção da Comissão na promoção e protecção dos direitos humanos.
•      O Tribunal poderá transferir uma questão que possa ser apreciada pela Comissão.
•      Sempre que o Tribunal decida um caso, a sentença deve ser transmitida à Comissão, para além de às partes envolvidas.
•      A Comissão pode apresentar por si mesma uma comunicação ao Tribunal em relação a violações macivas dos direitos humanos.
•      A Comissão pode, em qualquer fase da análise de uma comunicação, solicitar ao Tribunal a análise de uma comunicação.
•      A Comissão pode apresentar comunicações ao Tribunal baseada na falha ou falta de vontade de um Estado em cumprir as suas decisões ou medidas provisórias.
•      Sempre que a Comissão seja convidada a interpretar qualquer disposição da Carta, deve informar o Presidente do Tribunal e enviar-lhe uma cópia da interpretação da Comissão, logo que seja adoptada pela Comissão.
•      O Tribunal pode solicitar um parecer à Comissão ao decidir sobre questões de admissibilidade.
•      O Tribunal pode dar um parecer consultivo, a pedido da Comissão.
•      Ao elaborar as suas próprias regras, o Tribunal é obrigado a consultar a Comissão, conforme apropriado.
•      A Comissão e o Tribunal devem reunir-se pelo menos uma vez por ano ou sempre que for necessário para garantir uma boa relação de trabalho entre ambas as instituições.
•      A Direcção da Comissão deve reunir-se com a Direcção do Tribunal quantas vezes for necessário para realizar qualquer função que lhes possa ser atribuída pelas duas instituições.